诚意请教我应该以哪个学历报考？谢谢

我是武汉的一本高校即将毕业的研究生，我的本科毕业证书和学位证书也是这个学校的（教育部学位查询网可查），但特殊的是实际上我是在该校的二级学院读的本科，当时合作办学，对成绩优秀者发给校本部毕业证和学位证（我当时考年级第三名），这就导致我的证书和档案不一致，请问我应该以校本部的学历报名，还是以二级学院的名义报名？以免到时说我弄虚做假！谢谢！（因已经问过未得到答复，如不方便公开回复，可回复至邮箱：314108584@qq.com ,诚意恳请回复，再次表示感谢！）